《零度战姬》第二季(又名:零度战姬振动)故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉。青井和叶是传奇中的潘多拉(能与NOVA作战的少女),和哉为了继承姐姐的遗志,进入了潘多拉的专门学校「杰尼提克斯」,并成为了「禁止接触女王」莎堤莱萨·艾尔·布丽姬的制御者,从此他的生活便大大改变了。在因袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉,编入了能够与NOVA对刚的战士以及其制御者的育成机关《杰尼提克斯》。在那里,和哉与被人称作《禁止接触女王》所畏惧着的少女,莎缇莱萨·艾尔·布丽姬相遇了。喜欢上了拥有姐姐背影的莎缇莱萨的和哉,在不停被拒绝的情况下仍旧与她共赴战场,慢慢的缩短了距离。在这时,由于《杰尼提克斯》的上层机关《修吧里诶》的命令,和哉被派遣到了阿拉斯加的基地。在那里,正进行着对抗NOVA的新对策,人工创造出潘多拉的《E潘多拉计划》。
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